Pupeční pahýl se může stát vstupní branou infekce zdravého novorozence. Je jediným porušením integrity kůže novorozence a proto je potřeba o něj důkladně pečovat.
Každodenní dezinfekce např. lihovým roztokem, snižuje riziko infekce. Pupeční pahýl se odlučuje za různě dlouhou dobu, většinou za 8-20 dní. Jeho dřívější odpadnutí není důvodem k obavám.